空军工程大学现设有 六个学院 和一个研究生院，以及一个基础部和军政基础系，形成了“六院一校一部一系”的总体布局。这些学院包括：

航空工程学院

防空反导学院

信息与导航学院

空管领航学院

装备管理与无人机工程学院

航空机务士官学校

此外，学校还有基础部和军政基础系两个直属部系。

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