南京农业大学设有20个学院（部），具体如下：

一、主要学院设置

农学院

工学院

植物保护学院

园艺学院

资源与环境科学学院

动物科技学院 （含无锡渔业学院）

动物医学院

食品科技学院

经济管理学院

公共管理学院

人文与社会发展学院

生命科学学院

理学院

信息管理学院

外国语学院

金融学院

草业学院

马克思主义学院

人工智能学院

体育部

二、其他说明

部分早期资料中提到的“信息科技学院”可能已并入“信息管理学院”；

学校还设有农业资源与区划研究所、农业工程与装备工程学院等机构，但未单独列为学院。

三、学科建设

截至2024年5月，学校拥有31个硕士授权一级学科、20种专业学位授予权、17个博士授权一级学科及17个博士后流动站，其中包含农业科学、植物学、动物医学等优势学科。