在科目二考试中，因操作不当造成发动机熄火的情况，扣分标准如下：

一般熄火 ：每次扣10分。

中途停车熄火 ：车辆停顿2秒以上的会被判定为中途停车，直接扣100分。

半坡起步熄火 ：扣10分。

上坡定点停车后起步熄火 ：30秒内未启动车辆起步是扣100分。

此外，考试中有以下与熄火相关的扣分项：

发动机启动后，不及时松开启动开关，时间超过2秒，每次扣10分。

车停稳后，不及时松开刹车，时间超过2秒，每次扣10分。

行驶中，发动机熄火后，不及时松开刹车，时间超过3秒，每次扣10分。

综合以上信息，科目二考试中因操作不当造成发动机熄火，车辆停顿超过2秒会被判定为中途停车，直接扣100分。其他情况下，熄火每次扣10分。建议在考试中注意操作规范，避免熄火，以免扣分影响成绩。