南京拥有哲学系的大学主要包括以下三所，具体情况如下：

一、南京大学哲学系

历史沿革

南京大学哲学系前身为1920年创立的中央大学哲学系，是新中国首批获得博士学位授予权的哲学系之一，拥有中国南方地区最重要的哲学教育和研究资源。

学科优势

覆盖马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、伦理学、宗教学、逻辑学等10余个研究方向，设有马克思主义理论、哲学等本科专业，并拥有多个博士点和硕士点。

知名校友

汤用彤、宗白华、方东美、唐君毅等知名学者曾在此任教。

二、南京师范大学哲学系

学科定位

位于公共管理学院，以哲学与社会发展学院为核心，注重哲学与教育学、社会学等领域的交叉研究。

研究方向

涵盖哲学基本问题、社会哲学、教育哲学等方向，提供哲学专业本科及研究生教育。

三、东南大学人文学院

学科设置

人文学院包含哲学专业，属于南京大学与东南大学合并后的新学科设置，依托两校的文科优势。

其他说明

南京理工大学 、 南京农业大学 等高校虽未明确列出哲学系，但根据搜索结果，南京理工大学人文与社会科学学院设有哲学相关方向，南京农业大学哲学系则以农学为特色但未单独列出。

哲学系分数线因学校、专业差异较大，例如南京大学哲学系2008年录取线为400-405分。

建议考生根据具体需求选择院校，并以最新官方信息为准。