清华大学药学专业考研的院校包括：

北京大学

北京协和医学院

中国药科大学

沈阳药科大学

复旦大学

上海交通大学

浙江大学

四川大学

哈尔滨医科大学

华中科技大学

武汉大学

中国医科大学

苏州大学

西安交通大学

首都医科大学

这些院校在药学领域都有较高的学术声誉和实力，考生可以根据自己的兴趣和实际情况选择合适的院校进行报考。建议考生提前了解各院校的招生政策、专业设置和考试科目，制定合理的复习计划，以提高考研成功率。