南京航空航天大学管理科学与工程专业开设的课程包括但不限于以下几门：

管理科学与工程综合（包括统计学和管理学）

公共管理学（行政管理学）

法学概论（宪法与行政法）

公共经济学（政府经济学）

公共政策学

行政组织学

公共部门人力资源管理

专业英语

中级微观经济学

高级产业经济学

系统动力学

金融复杂系统与风险管理

人力资源前沿

市场营销前沿

技术创新与管理

决策与博弈论

高级公司理财

信息安全技术

信息系统分析与设计

非线性科学与复杂性科学

工业工程理论与方法

物流系统规划与设计

这些课程涵盖了从基础理论到专业实践，旨在培养学生掌握管理科学的核心知识和技能，以适应现代工程管理和技术领域的需求。