江苏省内考研难度较高的学校主要包括以下几所：

南京大学 ：南京大学在学术研究和师资力量方面表现优异，是许多考生的首选，考研难度非常高。

东南大学 ：东南大学在工程和技术领域享有盛誉，尤其是土木工程、建筑学等专业备受考生青睐，考研难度也较高。

南京理工大学 ：南京理工大学在工程类专业方面具有明显优势，考研难度也较大。

南京航空航天大学 ：在航空航天领域有很强实力，学科实力强，就业前景好。

河海大学 ：以水利为特色，理工科实力强，水利工程、环境科学与工程等学科在全国有很高声誉。

南京师范大学 ：考研热度高，尤其是师范类专业，学科实力强。

南京医科大学 ：医学专业非常强，尤其是临床医学、公共卫生与预防医学等。

综合来看，南京大学和东南大学的考研难度最高，其次是南京理工大学、南京航空航天大学和河海大学等。建议考生根据自己的兴趣和专业方向，选择适合的学校进行报考。