699学硕联盟主要包括以下两个：

全国医科院校研究生院联盟 ：

由以下七所高校研究生院联合发起：南京医科大学、首都医科大学、天津医科大学、哈尔滨医科大学、重庆医科大学、南方医科大学、第四军医大学（后加入的发起学校为中国医科大学）。

西医综合699联盟 ：

该联盟是本世纪初各医学院校组建的一个联盟，目的是在联盟内组织统一的、针对医学学硕的西医综合入学考试，以区别于全国统考的306临床西医综合。联盟由8家常委单位和若干家委员单位组成，常委单位包括：首都医科大学、天津医科大学、中国医科大学、哈尔滨医科大学、南京医科大学、重庆医科大学、南方医科大学、第四军医大学（现空军军医大）。

建议：

全国医科院校研究生院联盟 侧重于医学领域的研究生教育，发布学术学位研究生考试大纲等学术活动。

西医综合699联盟 则专注于医学学硕的西医综合入学考试，联盟成员高校几乎囊括了国内所有的医学院校。