北京招收硕士研究生的医学院包括：

北京大学医学部

清华大学医学部 （北京协和医学院）

北京协和医学院

首都医科大学

北京中医药大学

北京航空航天大学

中国科学院大学

中国疾病预防控制中心

北京市结核病胸部肿瘤研究所

军事科学院

建议：

北京大学医学部 和 清华大学医学部 （北京协和医学院）是国内顶尖的医学院，拥有强大的师资力量和科研实力，建议优先考虑。

首都医科大学 和 北京中医药大学 也是很好的选择，尤其在临床医学和中医药领域有较强优势。

北京航空航天大学 和 中国科学院大学 等综合性大学在医学领域也有不错的教学和科研水平，适合对跨学科研究感兴趣的学生。

中国疾病预防控制中心 和 北京市结核病胸部肿瘤研究所 等研究机构和研究所则更适合希望从事基础研究和公共卫生工作的学生。