截至2025年，南通大学设有 26个学院 和 1个独立学院（杏林学院） 。这些学院包括：

文学院（楚辞研究中心）

理学院

政治学院

管理学院（商学院）

商学院

杏林学院

教育科学学院

外国语学院

化学化工学院

生命科学学院

机械工程学院

电子信息学院

电气工程学院

计算机科学与技术学院

建筑工程学院

纺织服装学院

医学院（护理学院）

公共卫生学院

体育科学学院

微电子学院（集成电路学院）

交通与土木工程学院（交通学院）

马克思主义学院（南通廉政研究中心、江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心南通大学基地挂靠）

艺术学院（建筑学院）

地理科学学院

药学院

国际教育学院

建议访问南通大学官网获取最新和最准确的信息，因为学院设置可能会有变动。