吴健雄学院提供了一系列四年制的理工科专业，学生可以在大一上学期选择大类，在大一下学期确定具体专业。学院提供了以下专业供学生选择：

机械工程

能源与环境工程

信息科学与工程

土木工程

电子科学与工程

自动化

计算机科学与工程

生物科学与医学工程

材料科学与工程

电气工程

化学化工

交通

仪器科学与工程

这些专业涵盖了工程、物理、化学、生物、计算机等多个领域，为学生提供了广泛的专业选择。此外，学院还设有建筑学、物理学、化学、生物科学、计算机科学、电子信息、信息科学与工程、电子科学与工程、自动化、计算机科学与工程、生物科学与工程、电气工程、仪器科学与工程、机械工程、能源与环境等。

建议学生根据自己的兴趣和职业规划，选择适合自己的专业。学院的专业设置可能会随时间和学校政策有所变动，因此建议学生以东南大学官网公布的数据为准。