南京和北京在考研总分上的差距为 85分 。具体来说，清华大学和南京大学的理学门类考研分数线分别为375分和290分，相差85分。

建议：

如果你打算报考北京地区的研究生院校，需要关注北京各高校的录取分数线，并做好相应的准备。

对于南京地区的研究生院校，虽然总分上与北京有差距，但仍有许多优秀的院校和专业可以选择，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。