南京闯红灯的处罚标准如下：

一般情况 ：

闯红灯行为按机动车驾驶证申领和使用规定，都是一次记6分，并处罚款200元。

特殊情况 ：

如果车辆在红灯时只是刚刚越过停止线，但立即停住了，这种闯红灯不会进行处罚。

误闯红灯立即停车可免处罚，但需要提供相关证据。

其他相关规定 ：

闯红灯是指机动车在交通信号灯亮起禁止通行时，越过停止线并继续行驶的行为。

认定一辆车闯红灯会有三张照片作为证据，分别是车辆过线前、过线后和驶入路口。

如果出现驾驶与准驾车型不符的机动车、饮酒后驾驶机动车以及造成交通事故后逃逸但尚不构成犯罪等情况，一次将被扣除12分。

综上所述，南京闯红灯的处罚是 一次记6分，并处罚款200元 。建议驾驶员遵守交通规则，避免闯红灯，以免受到处罚。