考研西医综合中， 生理学、生物化学和病理学 被普遍认为是较难的科目。具体来说：

生理学 ：由于其学科特点，需要细致复习和理解，考点不固定且涉及范围广泛，因此很多考生认为生理学是最难的。

生物化学 ：该学科将静态和动态知识联系起来，涉及大量医学名词和晦涩难懂的词，学习起来较为困难。

病理学 ：病理学作为医学专业核心课程之一，涵盖了广泛的医学知识，学习难度也较大。

此外，699西医综合（学校自主命题）相对于306西医综合（国家统一命题）难度可能更高，因为699的考试内容和难度可能因学校而异，且备考资源相对较少。

总体来说，考研西医综合的难度较大，需要考生投入大量的时间和精力去复习和准备。建议考生根据自身情况，有针对性地进行复习，尤其是对于生物化学中的抽象概念和生理学的广泛考点，需要更加细致和深入的准备。