截至2024年5月，东北农业大学设有 17个学院和1个教学部 。这些学院包括农学院、园艺园林学院、资源与环境学院、工程学院、水利与土木工程学院、动物科学技术学院、动物医学学院、食品学院、生命科学学院、经济管理学院、文法学院、理学院、电气与信息学院、艺术学院、国际文化教育学院等。

具体到各学院的系，以下是一些主要学院的系别设置：

农学院 ：农学系、植物保护系、生物技术系、种子科学与工程系、植物科学与技术系、智慧农业系

园艺园林学院 ：园艺系、园林系、风景园林系、设施农业科学与工程系

资源与环境学院 ：环境科学系、环境工程系、应用微生物系、农业资源与环境系、生态科学系、气象科学系

工程学院 ：农业机械化工程系、机械设计及制造工程系、车辆工程系、工业工程系、新能源科学与工程系、工程技术基础部、工程实训中心

水利与土木工程学院 ：农业水利工程系、水利水电工程系、土木工程系、工程管理系、水文与水资源工程系

动物科学技术学院 ：动物遗传育种与繁殖系、动物营养与饲料科学系、动物生产系、草业科学系、水产养殖系

动物医学学院 ：基础兽医系、预防兽医系、临床兽医系、动物药学系

食品学院 ：畜产品加工系、农产品贮藏加工工程系、食品科学系

经济管理学院 ：农林经济管理系、国际经济与贸易系、工商管理系、会计系、金融系、市场营销系、保险系、人力资源管理系

理学院 、 电气与信息学院 、 艺术学院 、 国际文化教育学院 等也设有多个相关专业

因此，东北农业大学至少设有17个学院和多个系，具体系别数量因学院而异。