截至2025年，清华大学共设 32个学院 ， 54个系 ， 12个书院 。具体院系设置如下：

建筑学院

机械工程学院

电子工程系

计算机科学与技术系

软件学院

自动化系

材料科学与工程系

环境科学与工程系

化学工程系

物理系

数学系

力学系

生物医学工程系

经济管理学院

公共管理学院

法学院

新闻与传播学院

五道口金融学院

美术学院

生命科学学院

临床医学院

药学院

体育部

电机工程与应用电子技术系

工程物理系

交叉信息研究院

人文学院

社科学院

马克思主义学院

国际研究生院

深圳研究生院

苏世民书院

全球创新学院

新雅书院

这些院系涵盖了理学、工学、文学、艺术学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、教育学、医学和交叉学科等12个学科门类，使清华大学成为一所综合性、研究型、开放式大学。