上海交通大学拥有多个研究院，以下是一些主要的研究院：

自然科学研究院 ：成立于2010年，以交叉科学研究为特色，涵盖应用数学、统计、物理、生物、计算机、人工智能等学科。核心研究方向包括科学与工程计算、材料科学、量子动力学、量子信息和量子计算、人工智能、图像处理、数据科学等。

上海国家应用数学中心（上海交通大学分中心） ：依托自然科学研究院和数学科学学院，组建多个优势团队，包括偏微分方程科学计算和应用分析、分子动力学与人工智能药物设计、计算神经科学及生物学、人工智能与图像处理、应用数理统计学、量子计算等。

密西根学院巴黎卓越工程师学院 ：是上海交通大学与密歇根大学合作举办的学院，旨在培养具有全球视野的卓越工程师。

上海交大-南加州大学文化创意产业学院 ：是上海交通大学与南加州大学合作举办的学院，专注于文化创意产业的研究和教育。

中欧国际工商学院中英国际低碳学院研究院 ：致力于低碳技术和可持续发展领域的研究。

基础研究系统生物医学研究院 ：专注于系统生物医学领域的基础研究。

人工智能研究院 ：覆盖人工智能领域的研究，包括图像处理、数据科学、计算生物学等。

医疗机器人研究院 ：专注于医疗机器人技术的研究与开发。

医学影像先进技术研究院 ：致力于医学影像技术的创新与应用。

三亚崖州湾深海科技研究院 ：聚焦深海科技领域的研究。

上海智能制造研究院 ：专注于智能制造领域的研究。

内蒙古研究院 ：由内蒙古自治区人民政府与上海交通大学合作设立，重点围绕先进材料、装备制造、现代能源、生态环境、绿色农牧、生物医药、数字经济、战略研究等领域开展工作。

张江高等研究院 ：位于上海市张江高科技园区，专注于新能源技术等领域的研究。

这些研究院涵盖了多个学科领域，体现了上海交通大学在科研和人才培养方面的全面布局和优势。