考研自主命题的科目主要包括以下几类：

公共课 ：

思想政治理论 ：所有考生必考。

英语 ：通常为英语一和英语二，具体取决于报考的专业类型。

数学 ：分为数学一、数学二和数学三，具体取决于报考的专业。

专业课 ：

教育学专业基础综合 。

心理学专业基础综合 。

历史学基础 。

临床医学综合能力（中医） 。

临床医学综合能力（西医） 。

数学（农） 。

化学（农） 。

植物生理学与生物化学 。

动物生理学与生物化学 。

计算机学科专业基础综合 。

管理类联考综合能力 。

法硕联考专业基础（非法学） 。

法硕联考综合（非法学） 。

法硕联考专业基础（法学） 。

法硕联考综合（法学） 。

经济类综合能力 。

其他科目 ：

英语测试 （可能包括听力、口语等）。

专业课笔试 （与初试的专业课类似，由报考院校自主命题）。

综合素质面试 （测试考生的专业素质和能力）。

自主命题的目的是测试考生的综合知识和能力，考查的深度和难度也更高，更符合研究生招生的要求。每个报考院校的专业课自主命题内容可能有所不同，难度也会根据院校自身情况有所调整。