以下是一些被广泛认为是最厉害的研究所：

中科院数学与系统研究所（IMS） ：成立于1952年，专注于数学、系统科学、计算机科学、运筹学等领域的研究。拥有高水平的科研队伍，包括多位院士和杰出青年基金获得者。

中科院物理所（IP） ：成立于1950年，是物理学研究的重要基地，研究领域包括凝聚态物理、光学、原子分子物理、理论物理等。物理所在物理学研究前沿取得重要成果，并为我国物理学研究的发展做出了巨大贡献。

中科院计算所（ICT） ：成立于1956年，是中国计算机科学领域的重要研究机构。研究方向包括计算机体系结构、计算机网络、人工智能、软件工程等。计算所积极参与国家重大科技项目，为我国计算机科学领域的发展做出了突出贡献。

中科院自动化所 ：在自动化领域具有世界领先的研究实力，推动了自动化技术的发展。

中科院软件研究所 ：在软件科学领域有显著的研究成果，对软件技术的发展做出了重要贡献。

中科院微生物研究所 ：在微生物领域的研究处于国际前沿，为微生物学和生物技术的发展做出了重要贡献。

中科院化学研究所 ：在化学领域的研究具有世界领先的研究实力，对化学科学的发展做出了重要贡献。

中科院高能物理研究所 ：在高能物理领域的研究处于国际前沿，对物理学的发展做出了重要贡献。

中科院生物物理研究所 ：在生物医学和生物技术研究方面具有世界领先的研究团队，研究领域包括生物大分子结构与功能、蛋白质科学、发育生物学、生物物理化学等。

中国科学院上海微系统与信息技术研究所 ：在集成电路材料领域具有显著的研究成果。

中国科学院大连化学物理研究所 ：在化学物理领域的研究处于国际前沿。

这些研究所在各自的领域内取得了显著成就，并为国家和社会提供了大量的科研成果和人才。建议根据具体的研究方向和兴趣选择合适的研究所进行深入了解。