截至2025年，上海交通大学共有以下学院：

信息与电子工程学院 （与集成电路学院实行一个机构两块牌子）

自动化与感知学院

计算机学院

电气工程学院

材料科学与工程学院

环境科学与工程学院

生物医学工程学院

航空航天学院

数学科学学院

物理与天文学院

化学化工学院

致远学院

海洋学院

生命科学技术学院

农业与生物学院

药学院

安泰经济与管理学院

凯原法学院

外国语学院

人文学院

国际与公共事务学院

媒体与传播学院

设计学院

建筑学

视觉传达设计

风景园林

上海交大密西根学院

上海交大巴黎高科卓越工程师学院

人工智能学院

心理学院

空天科学技术研究院

航空发动机研究院

燃气轮机研究院

上海智能制造研究院

医学影像先进技术研究院

三亚崖州湾深海科技研究院

建议关注学校官方网站以获取最新学院设置和招生信息。