一般来说，如果学员在科目二考试中未通过，教练是不会有什么损失的，最多教练也就是赚不到而已，但肯定是不会赔的。由于目前的教练工资都是由基本工资加提成得来的，而教练的提成来源于学员的通过率。所以你没有通过考试，教练就拿不到提成，但教练可以拿到基本工资。至于具体的奖金提成，一般来说，在一些大城市，如果学生通过了科目二的考试，那么教练可能会拿到500元左右的提成。如果科目三通过，那么教练可能会拿到300元左右的提成，而对于一些小县城，提成可能会少一些。如果这两个考试都通过了，每个考试教练的提成可能在200元左右。

因此，学员在科目二挂科后，教练 不会扣钱 。学员需要自行承担补考费用，而教练的工资与学员的通过率挂钩，不会因学员挂科而受到影响。不过，具体情况可能因驾校、地区和个人协议而异，建议与教练或学校进行详细沟通，了解他们关于未通过科目二考试的处理规定和具体费用。