在职研究生在毕业时主要缺少的是 学历证书 ，即研究生毕业证书。这一点在以下信息中得到了明确说明：

学位证书 ：证明学员专业知识和技术水平的证书，可以通过同等学力申硕、非全日制研究生、中外合作办学等方式获得。

学历证书 ：也称为研究生毕业证书，是证明学员完成了研究生阶段学习的证书，可以通过非全日制研究生方式获得。

结业证书 ：证明学员接受过研究生教育的经历，但不等同于学历证，通常在同等学力申硕、高级研修等方式下获得。

因此，在职研究生在毕业时缺少的是学历证书，即研究生毕业证书。