分包单位开票抵扣的步骤如下：

确保发票真实合法 ：

分包单位开具的发票必须是真实有效的，并且具有合法的税务登记资格。

发票信息录入财务系统 ：

将分包发票的信息录入企业的财务系统中，以便进行后续的税务申报和账务处理。

增值税申报 ：

在增值税申报时，根据分包发票的类型和税率进行申报。如果分包单位是一般纳税人，则应开具增值税专用发票，总包单位可以抵扣进项税。如果分包单位是小规模纳税人，则只能开具增值税普通发票，总包单位通常不能抵扣进项税。

税务审核 ：

提交申报后，税务局会对发票进行审核，审核无误后即可进行抵扣。

会计分录 ：

总包支付分包费用时：

借：在建工程/工程支出

贷：银行存款/应付账款

收到分包发票时：

借：应交税费-进项税额

贷：在建工程/工程支出

进行税务抵扣时：

借：应交税费-应交增值税（销项税）

贷：应交税费-进项税额

发票认证 ：

总包单位需要将分包发票在国家税务总局的“增值税发票选择确认平台”进行发票认证，确认发票的有效性和可抵扣性。

账务处理 ：

在财务软件如用友畅捷通中，录入发票数据，进行账务处理，确保进项税额准确记录。

定期申报 ：

定期向税务机关申报，将已认证的进项税额用于抵扣销项税额，减少应纳税额。

注意事项 ：

纳税人资格：如果分包人是一般纳税人，可开具增值税专用发票，总包可以抵扣进项税。如果分包人是小规模纳税人，只能开具增值税普通发票，总包不可以抵扣进项税。

一般征收办法：如果采用一般征收办法，对外开具增值税专用发票，可以抵扣进项税额。

通过以上步骤，总包单位可以顺利完成分包发票的抵扣，从而减少应缴纳的增值税额。建议在实际操作中，确保每一步骤都符合相关法规，并在遇到问题时及时咨询税务专业人士。