东南大学设有36个院系，开设了90个本科专业。这些专业涵盖了哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学、艺术学、历史学等多个学科。以下是东南大学的一些王牌专业和特色专业：

王牌专业 ：

建筑学

城乡规划

风景园林

机械工程

能源与动力工程

信息工程

土木工程

工程管理

电子科学与技术

自动化

特色专业 ：

通信工程

电子科学与技术

软件工程（设2个专业方向）

交通工程

信息工程

电气工程及其自动化

计算机科学与技术

生物医学工程

测控技术与仪器

热能与动力工程

城市规划

双一流学科 ：

材料科学与工程

机械工程

电子科学与技术

控制科学与工程

信息与通信工程

计算机科学与技术

土木工程

建筑学

交通运输工程

风景园林学

生物医学工程

艺术学理论

国家一级重点学科 ：

信息与通信

这些专业在各自的领域内都有显著的表现和很高的声誉。东南大学以工科为特色，同时覆盖了经济学、哲学、法学、文学、教育学、理学、管理学、医学、艺术学、历史学等学科。