中国科学院水生生物研究所（简称“水生所”）是中国科学院下属的专门从事水生生物学研究的综合性学术研究机构。在中国行政级别上， 水生所属于副部级单位 。

水生所的历史可以追溯到1930年在南京成立的国立中央研究院自然历史博物馆，经过多次重组和迁址，于1950年定名为中国科学院水生生物研究所，并于1954年迁至武汉。水生所是中国科学院“率先行动”计划特色研究所，拥有雄厚的科研实力和丰富的科研成果，被认为是国内淡水生态研究领域的代表和带头人。

水生所的战略定位和发展目标是面向国家在水生态环境保护、水生生物资源利用等方面的重大战略需求，开展基础性、战略性和前瞻性重大科技问题，着力重大理论创新和核心技术突破。