微生物的命名是采用 林奈氏双名法 ，即用两个拉丁字命名一个微生物的种。这个名称由两部分组成：

属名 ：表示微生物所属的属，通常用斜体字表示，并且属名的首字母大写。例如，Escherichia。

种名 ：表示微生物种的具体名称，也用斜体字表示，但首字母小写。例如，coli。

此外，学名还可能包括最初命名人以及命名时间，例如：Escherichia coli （Migula） Castellani & Chalmers 1919。

这种命名方法的目的是确保微生物命名的科学性和一致性，便于全球科学家交流和引用。