车辆来历凭证号码应填写 机动车登记证书编号 。

在办理机动车登记时，需要提供一系列资料，其中包括机动车登记证书和证书编号。机动车登记证书是车辆所有权的法律凭证，其中包含了车辆的详细信息，如车辆识别代号（VIN）、发动机号、注册日期等。证书编号是机动车登记证书的唯一标识，用于在车辆管理系统中识别和追踪车辆。

在填写车辆来历凭证时，请确保所有填写的信息准确无误，特别是底盘号、发动机号、企业名称、代码或个人名称和身份证号等，必须与购车发票或行车证保持一致。这些信息的准确性对于确保车辆合法性和避免潜在的法律纠纷至关重要。

因此，在填写车辆来历凭证号码时，请填写机动车登记证书编号，并确保所有相关信息与购车发票或行车证保持一致。