中科院和山东大学在微生物学科上都有各自的优势，具体哪个更好需要根据个人情况和需求来决定。

山东大学 ：

优势 ：山东大学的微生物学科在全国享有很高的声誉，实验室条件非常强。

适合人群 ：如果你对微生物学科有浓厚的兴趣，并且希望在一个实验室条件优越、资源丰富的环境中学习，山东大学是一个非常好的选择。

中科院微生物所 ：

优势 ：中科院微生物所在真菌学、病毒学等各专业有深厚的研究积累，人才辈出，学术氛围浓厚，导师和学生的水平较高，业界认可度也高。

适合人群 ：如果你计划从事科研工作，特别是博士深造，中科院微生物所提供了一个高水平的科研平台和丰富的资源，是一个理想的选择。此外，如果你希望在一个学术氛围浓厚、导师团队强大的环境中学习，中科院微生物所也是一个很好的选择。

建议

如果你对微生物学科有浓厚的兴趣，并且希望在一个实验室条件优越、资源丰富的环境中学习，同时不介意选择一个非农业类的高校，那么山东大学是一个非常好的选择。

如果你计划从事科研工作，特别是博士深造，并且希望在一个学术氛围浓厚、导师团队强大的环境中学习，那么中科院微生物所是一个理想的选择。

最终的选择还需要结合个人的职业规划、兴趣和实际情况来决定。建议你可以访问两所学校的官方网站，查看相关的学科介绍、实验室条件和导师团队信息，以便做出更为明智的选择。