证明公司挂靠关系可以通过以下几种方法：

核实公司基本信息 ：

确认公司是否具有固定经营场所、公司地址和固定联系方式。

核实营业执照上的地址是否与实际公司地址相符。

审查合同及相关文件 ：

收集与挂靠相关的合同，如车辆挂靠合同、资质挂靠合同等，以及与挂靠相关的其他文件，如缴费凭证、发票等，这些文件能直接证明存在挂靠关系。

查看劳动合同、合作协议等，看是否存在名义上的劳动关系或合作关系，但实际工作安排等由其他主体主导的情况。

调查资金往来 ：

收集涉及挂靠业务的财务凭证，如收款账户信息、付款记录，以证明挂靠业务的资金往来情况。

调查工资支付方式、款项来源与去向等，若存在资金并非由被挂靠单位直接支付给劳动者，而是通过其他中间环节，可能存在挂靠迹象。

检查业务往来文件 ：

收集与挂靠业务相关的往来文件、通知、备忘录等，例如与客户的业务沟通记录、施工过程中的相关文件等，这些能体现挂靠人以被挂靠单位名义进行的实际业务活动。

获取证人证言 ：

若有了解挂靠情况的相关人员，可收集他们的证言，以佐证挂靠关系的存在。

分析地址和运营模式 ：

确认挂靠地址是否真实存在，并能接收工商税务信函。

检查场地证明文件，如房产证、租赁合同等，以证明地址合法且与公司有关联。

分析公司的经营范围和实际运营模式，看是否符合挂靠的特征，如自筹资金、自行组织施工、自主经营、自负盈亏等。

审查管理结构和决策过程 ：

确认施工现场的项目负责人、技术负责人、质量管理负责人、安全管理负责人是否与被挂靠人没有订立劳动合同，或没有建立劳动工资或社会养老保险关系。

分析被挂靠人与发包人之间的工程款收付关系，看是否存在“委托支付”、“代付”等其他名义进行工程款支付的情况。

通过以上方法，可以全面收集和分析证据，从而有效证明公司挂靠关系的存在。建议在实际操作中，咨询专业律师或相关机构，以确保收集的证据充分、合法且有力。