南通最好的大学是 南通大学 。南通大学是江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学，江苏高水平大学建设高峰计划建设B类高校，国家“卓越医生教育培养计划”和“卓越教师培养计划”试点高校，教育部本科教学工作水平评估优秀学校，全国首批硕士和学士学位授予单位，博士学位授予单位，全国普通高等学校毕业生就业工作先进集体，全国高等学校创业教育研究与实践先进单位，国家级大学生创新创业训练计划实施高校，江苏省首批创新创业示范高校，江苏省首批教学工作先进高校。学校始建于1912年，由私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校创办，2004年5月经教育部批准，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所省属公办本科院校合并组建新的南通大学。