截至2025年，中国科学院拥有11个分院和100多家科研院所。具体分院和科研院所包括：

中国科学院北京分院 ：负责联系和管理中国科学院在北京、天津、山西的研究院所工作。

中国科学院合肥物质科学研究院 ：前身为中国科学院合肥分院，由多个研究所组成，包括安徽光学精密机械研究所、等离子体物理研究所等。

中国科学院长春应用化学研究所 ：位于吉林省长春市，集基础研究、应用研究和高技术研究及产业化于一体。

中国科学院广州能源研究所 ：成立于1978年，专注于可再生能源与新能源领域的研究。

中国科学院上海技术物理研究所 ：位于上海市虹口区，集基础研究、工程技术研发和高新技术产业化为一体。

中国科学院物理研究所 ：以物理学基础研究与应用基础研究为主，研究方向包括凝聚态物理、光学等。

这些分院和科研院所涵盖了广泛的学科领域，并在各自的领域内取得了显著的研究成果。