在科目三考试中，遇到红灯时的操作步骤和等待时间如下：

减速并换低挡 ：当看到前方路口是红灯时，应减速并换到低挡，踩刹车，然后拉手刹，平稳停车等待。

起步准备 ：当红灯倒计时显示为7秒时，开始做起步准备。具体操作包括踩离合，挂一挡，松手刹。绿灯亮起后，慢慢松脚刹，平稳起步。

通过路口 ：车辆完成起步后，应加速换到二挡，三挡继续向前行驶。

注意事项 ：

避免走错车道，如果不在路口直行，应提前在虚线位置变更到对应车道。

车头不能压过白线，遇红灯不能熄火。

如果红灯时间较长（30秒到1分钟之间），可以选择踩下离合、刹车回空档，并拉上手刹解放双脚休息一下。在距离红灯只剩大概5秒时，需要开始慢慢松开离合至半联动状态，为起步做好准备。

综上所述，科目三考试中遇到红灯时，应在红灯倒计时显示为7秒时开始做起步准备，确保在绿灯亮起时能够平稳起步并继续行驶。