厦门大学生物系设有以下专业：

本科专业 ：

生物科学

生态学

生物技术

生物信息学

硕士学位授权专业 ：

植物学

动物学

微生物学

生物化学与分子生物学

细胞生物学

水生生物学

发育生物学

生态学

遗传学

博士学位授权专业 ：

植物学

动物学

微生物学

生物化学与分子生物学

细胞生物学

水生生物学

生态学

遗传学

博士后流动站 ：

生物学

国家级重点学科 ：

动物学

水生生物学

细胞生物学

国家基础学科人才培养基地 ：

生物学国家理科基础科学研究与教学人才培养基地

国家生命科学与技术人才培养基地

这些专业涵盖了生物学领域的多个方面，包括基础理论研究、应用研究以及跨学科交叉领域，旨在培养具有扎实生物学基础、实验技能和科研能力的专业人才。