南京拥有博士点的大学包括：

南京大学

东南大学

中国矿业大学

南京航空航天大学

南京理工大学

南京农业大学

南京师范大学

南京工业大学

南京信息工程大学

南京林业大学

南京医科大学

南京中医药大学

南京财经大学（应用经济学）

南京审计大学（统计学）

建议您根据最新的官方信息，确认各个高校的博士点设置情况，因为学科和学位点可能会随时间有所调整。