南京工业大学2011学院的专业设置包括：

化学工程与工艺

材料科学与工程

生物工程

光电信息科学与工程

这些专业旨在探索重构中国优秀本科教育，培养卓越科技人才，实现“综合性、研究型、全球化”的战略目标。2011学院作为学校培养拔尖创新人才的荣誉学院，依托国家级江苏先进生物与化学制造协同创新中心，实行“全员书院制”、“全程导师制”以及“小班化、个性化、全球化”的“两制三化”教育管理模式，强化人文通识教育，夯实科学基础理论，提升创新实践能力。