北京大学工学院生物医学工程系 成立于2005年，是新的工学院的组成部分。该系致力于在工程科学的范畴内进行生命科学和医学的前沿研究，并迅速建立了研究生教育教学体系。生医系在生物医学工程研究方面取得了重要的进展，并承担了包括国家重点基础研究发展计划（973）、国家高技术研究发展计划（863）、国家自然科学基金、国际合作项目等一大批科研项目。

生医系已拥有一支朝气蓬勃的中青年科研队伍，其中教授4人，副教授4人，特聘研究员6人，全部具有海外留学经历。他们活跃在生物医学工程科研与教学的第一线，紧密跟踪国际学术前沿，开展生物医学工程高端领域的科研工作。此外，生医系与美国佐治亚理工大学、约翰霍普金斯大学、麻省理工学院、哈佛大学等国际著名院校建立了良好的教学和科研合作关系。

自2010年起，生物医学工程系正式招收本科生，并启动了本科生教学培养的一系列工作。本专业注重“强化基础、重视素质、追求创新”，致力于培养具有扎实的理论基础和专业知识、良好的综合能力和创新意识的生物医学工程领域的高素质、引领性的复合型人才。