在明清史研究方面表现突出的学校主要有以下几所：

北京大学 ：

历史学系设有多个二级学科，包括中国古代史，师资力量雄厚，拥有多个博士点和硕士点。

复旦大学 ：

历史学科在国内排名靠前，尤其在经学、思想史、历史地理方面较为突出。

北京师范大学 ：

历史学研究生教育学科齐全，拥有何兹全、黎虎等著名学者，在多个领域具有较大影响。

南京大学 ：

拥有专门的明清史研究院所，是高校设立历史学博士后流动站和获得历史学一级学科博士学位授予权的单位之一。

中国人民大学 ：

有清史研究所，专注于清史研究。

南开大学 ：

在明清史研究方面也有一定的学术贡献，特别是在明清思想史方面。

中山大学 ：

明清社会经济史方面较为强项。

武汉大学 ：

武大的史学在国内也是一流水平。

建议

北京大学 ：如果你对明清史的整体研究有浓厚的兴趣，并且希望在一个综合实力非常强的学校学习，北京大学是一个理想的选择。

复旦大学 ：如果你对经学、思想史和历史地理有特别的兴趣，复旦大学在这些领域有较为突出的优势。

北京师范大学 ：如果你希望跟随著名学者学习，并在多个领域有广泛的研究机会，北京师范大学是一个很好的选择。

南京大学 ：如果你对明清史的研究有具体的方向，尤其是历史地理学，南京大学的相关研究非常出色。

中国人民大学 ：如果你专注于清史研究，中国人民大学的清史研究所是一个专门的研究机构，具有很高的学术水平。

南开大学 ：如果你对明清思想史有深入的兴趣，南开大学的学术贡献也不容忽视。

中山大学 ：如果你对明清社会经济史感兴趣，中山大学的这一领域研究较为强项。

武汉大学 ：如果你希望在一个历史悠久且史学氛围浓厚的学校学习，武汉大学是一个很好的选择。

根据以上信息，你可以根据自己的兴趣和研究方向选择最适合自己的学校。