南京的航空研究所包括但不限于以下几个：

中国航发南京航空发动机研究所 ：成立于1956年，专注于航空发动机和涡轮机的研制和制造。成果包括中国第一台高温涡扇发动机“翔鹰-8”，已应用于大型民机和军机。

南京航空航天研究所609 ：60年代末期在湖北襄阳建立，90年代后期迁至南京。是中央直属科研机构，覆盖防务装备、运载火箭、应用卫星、空间科学、航天技术应用产业。

中国电子科技集团公司第二十八研究所 ：成立于1964年，位于南京市城东紫金山麓。主要从事指挥自动化系统工程研制，也承担民用电子信息系统的研制开发。

中国航天科工集团八五一一研究所 ：地处南京市紫金山南麓，是航天系统唯一的航天电子对抗技术总体所。主要从事电子工程技术研究，以航天电子对抗为主要专业领域。

南京航空复合材料应用研究所 ：成立于1999年，位于南京市秦淮区，属于中国航空工业第一集团公司的研究机构。

南京航空航天大学航空宇航工程研究院 ：由南京江宁经济技术开发区管理委员会和南京航空航天大学共同举办，位于南京国家级临空经济示范区。

南京航空航天大学机电研究所 ：主要提供研发服务，涉及仪器仪表和动力设备的研发。

这些机构在航空领域的研究和开发中扮演着重要角色，涵盖了从发动机研制到复合材料应用，再到航空航天工程等多个方面。