南京大学和东南大学都是国内著名的双一流高校，综合实力上南京大学稳居全国前10，东南大学综合实力稍逊于南大。两所大学侧重点和专业不同，其中南京大学重点的专业有经济学、新闻学、地质学、软件工程、水文与水资源工程等，其次东南大学重点的专业有电子科学与技术、软件工程、建筑学、土木工程、交通工程等。

从大学排名的角度对比，南京大学要比东南大学更好一些。根据软科中国大学排行榜可知，东南大学2024年全国排名为第13名，而南京大学为第6名，差距为7位。

论综合实力的话，南京大学好一些，全国排名第五，而东南大学全国排名为第19。

两所大学在不同领域有各自的优势，因此很难简单地比较哪所更好。如果你对工程、自然科学等领域感兴趣，东南大学可能更适合你；而如果你对人文、社会科学等领域感兴趣，南京大学可能更合适。建议根据自己的兴趣和职业规划来选择合适的学校，可以参考大学的教学质量、科研实力、校园环境等方面的信息，以便做出更全面的判断。

综合来看，南京大学和东南大学都是国内顶尖的高等学府，具有悠久的历史和卓越的学术声誉。南京大学在综合实力、学科建设和师资力量方面较强，而东南大学在建筑学、土木工程和生物医学等领域具有明显优势。建议根据个人兴趣和职业规划来选择合适的学校。