武汉大学开设地理信息系统（GIS）专业的学院主要有三个：资源与环境科学学院、遥感信息工程学院和测绘学院。

资源与环境科学学院 ：该学院在GIS的制图方向有非常专业的老师，同时在空间分析、GIS原理方法方面较强。

遥感信息工程学院 ：该学院的GIS偏重于与遥感方法的结合，注重GIS结合遥感的应用。

测绘学院 ：该学院在GIS领域也有设置，提供包括制图方向和软件开发方向在内的GIS相关课程。

建议根据个人未来想研究的方向与想跟随的导师来选择具体的学院。例如，如果对制图方向感兴趣，资源与环境科学学院可能是更好的选择；如果希望结合遥感方法进行应用研究，遥感信息工程学院可能更适合；而如果希望有更多的项目实践机会，测绘学院可能更合适。