上海交通大学电子信息与电气工程学院（上交电院）拥有多个优秀的专业，以下是一些被广泛认为较好的专业：

电子信息工程 ：该专业是电院的传统优势专业之一，教学实力强大，学院拥有一流的师资力量和先进的实验设备，注重培养学生的创新能力和实践能力，学生在电子信息工程领域有很高的就业竞争力。

通信工程 ：通信工程也是电院的另一个重点专业，教学水平较高，学院拥有一流的实验室和研究中心，为学生提供了良好的学习和研究环境，学生在通信工程领域有很高的就业前景。

微电子科学与工程 ：这是电院的特色专业之一，教学实力较强，学院拥有一流的师资队伍和实验室设施，注重培养学生的创新能力和实践能力，学生在微电子领域有很高的就业竞争力。

软件工程 ：上海交通大学软件学院成立于2001年，是我国首个软件学院，也是我国首批35所示范性软件学院之一。软件工程学科在教育部第四轮学科评估中位列A-，2020年学院获批建设国家一流专业。

电子智能设计和工业智能控制 ：这两个微专业是交通与电气工程学院依托省、校级现代产业学院和特色实验室学科优势，瞄准科技前沿和社会亟需的人才领域而精心建设的。电子智能设计微专业面向数字经济时代对创新型电子信息类专业人才的需求，工业智能控制微专业则培养能够在智能制造、工业物联网、工业自动化等相关企业胜任智能装备设计与制造等方面工作的应用型人才。

计算机科学与技术 ：该专业在电院中也有很高的声誉，尤其是在计算机相关、偏软的方向上，被校内称为“三幻神”之一。

信息安全 ：信息安全专业也是电院的一个强项，属于计算机相关、偏软的方向，同样被认为是“三幻神”之一。

自动化 ：自动化专业在电院中也有很好的口碑，属于弱电方向，比计算机相关、偏软的方向稍微偏硬一些。

电气工程及其自动化 ：该专业是强电方向，被认为是电院中非常优秀的专业之一。

信息工程/电子科学与技术 ：这些专业在电院中也有很高的地位，属于弱电方向。

测控技术与仪器 ：该专业在电院中也有不错的声誉，属于弱电方向。

综合以上信息，可以认为上交电院中最好的专业包括电子信息工程、通信工程、微电子科学与工程、软件工程以及新设立的电子智能设计和工业智能控制微专业。此外，计算机科学与技术、信息安全、自动化和电气工程及其自动化等专业也都是非常优秀的选择，具体选择哪个专业还需根据个人兴趣和职业规划来决定。