南通大学拥有多个硕士专业，具体包括以下几类：

一级学科硕士点 ：

教育学

中国语言文学

外国语言文学

生物学

机械工程

光学工程

信息与通信工程

控制科学与工程

纺织科学与工程

生物医学工程

基础医学

临床医学

公共卫生与预防医学

药学

特种医学

音乐与舞蹈学

美术学

数学

物理学

马克思主义理论

体育学

土木工程

应用经济学

硕士专业学位点 ：

工程硕士

教育硕士

公共卫生硕士

药学硕士

临床医学硕士

艺术硕士

国际商务硕士

社会工作硕士（MSW）

其他硕士点 ：

应用经济学

法学

文学

历史学

理学

工学

医学

管理学

艺术学

这些专业涵盖了经济学、管理学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、艺术等多个学科门类，旨在培养具有专业知识和实践能力的高层次人才。