中国科学技术大学信息学院由以下系组成：

电子工程与信息科学系（6系）

自动化系（10系）

电子科学与技术系（23系）

信息安全专业（33系）

光科学与工程系

通信科学与工程系

光源与照明工程系

生物医学工程系

微纳系统中心

信息学院拥有多个重点实验室和博士硕士学位授权点，涵盖信息与通信工程、控制科学与工程、电子科学与技术、生物医学工程等领域。