考研不实行全国命题的原因主要有以下几点：

科目设置差异 ：考研初试分为公共课和专业课两部分。公共科目如数学、英语、政治、管理类联考等由教育部统一命题，以确保全国范围内的难度和评分标准一致。而专业课则由各招生单位自主命题，以考察学生在该校特定专业的知识和能力。

录取方式不同 ：考研的录取工作是由各招生单位单独组织的，全国统一录取。报考同一所院校的考生执行相同的分数线，这保证了全国范围内的公平性。而高考是分省录取的，各省份的高考分数线都不相同，这与考研的全国录取方式有本质区别。

复试环节 ：考研除了初试外，各招生单位还要组织复试，以全面评估学生的综合素质。而高考没有复试环节，主要通过初试成绩来选拔学生。

高校自主性 ：允许高校自主命题专业课，可以更好地反映各高校的学科特色和教学水平。这种做法增加了高校的自主权，同时也促进了学科之间的竞争和差异化发展。

资源分配和效率 ：如果所有专业课都实行全国命题，将会涉及大量的人力、物力和时间成本。由高校自主命题可以更高效地利用这些资源，并且能够更快地反馈教学效果和进行针对性的改进。

地域差异和教育资源不均衡 ：我国地域广阔，教育资源和教学水平存在明显差异。不同地区的教育政策、教学目标和课程设置不尽相同，因此统一出卷难以满足各地学生的实际需求。

地方特色和个性化需求 ：各地区的教育特点和文化背景各异，统一出卷难以体现地方特色。此外，不同学段和学科的教学内容和考核重点也不同，统一出卷难以全面覆盖。

招生名额分配 ：教育部直属的985和211高校是全国分配名额，需要兼顾全国范围内的学生，而省属和市属高校则主要面向当地考生，名额分配也需符合当地的教育政策。

综上所述，考研不实行全国命题，主要是为了兼顾不同高校的教学特色和学科需求，同时确保全国范围内的公平性和效率。