工程变更价款的确定方法主要依据合同约定、工程变更的范围和内容、以及相关的法律法规。以下是几种主要的确定方法：

根据合同约定结算 ：

如果施工合同中明确约定了工程变更时的计价标准和方法，如约定变更部分按原合同单价计算，或按一定比例调整等，应优先按照合同约定执行。这体现了合同当事人意思自治原则，只要约定明确、具体且不违反法律法规强制性规定，双方就应受其约束，以维护合同的稳定性和严肃性。

参照当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准结算 ：

当合同对变更部分计价方式无相关约定，或虽有约定但增减工程的性质、标准不宜适用原合同约定的计价方法和计价标准结算工程款，或者原合同约定不明无法适用时，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。

通过司法鉴定确定工程价款 ：

若双方对变更部分工程款始终无法达成一致，进入诉讼程序后，往往需要通过司法鉴定来确定最终工程价款。

分部分项工程费的调整 ：

根据已标价的工程量清单项目与变更项目之间的关系确定。具体方法包括：

工程量清单漏项或设计变更引起的新的工程量清单项目，其相应综合单价由承包人提出，经发包人确认后作为结算的依据。

由于工程量清单的工程数量有误或设计变更引起工程量增减，属合同约定幅度以内的，应执行原有的综合单价；属合同约定幅度以外的，其增加部分的工程量或减少后剩余部分的工程量的综合单价由承包人提出，经发包人确认后作为结算的依据。

措施项目费的调整 ：

承包人应事先将拟实施的方案提交发包人确认，并详细说明与原方案措施项目相比的变化情况。拟实施的方案经发承包双方确认后执行。安全文明施工费按实际调整，不得浮动。采用单价计算的措施项目费，按分部分项工程费的调整方法确定单价。按总价（或系数）计算的措施项目费，除安全文明施工费外，按照实际调整金额乘以承包人报价浮动率计算。

删减工程或工作的补偿 ：

因非承包人原因删减了合同中的某项原定工作或工程，致使承包人发生的费用或（和）得到的收益不能被包括在其他已支付或应支付的项目中，也未被包含在任何替代的工作或工程中，则承包人有权提出并得到合理的费用及利润补偿。

其他相关规定 ：

工程变更估价的原则还包括已标价工程量清单项目变化估价原则、施工方案改变造成措施项目变化的估价原则、中标综合单价与发包人招标控制价偏差较大的估价原则等。

变更合同价款的方法还包括法规变化类、工程变更类、物价变化类等。

综上所述，工程变更价款的确定需要综合考虑合同约定、工程变更的具体内容、当地建设行政主管部门的计价方法或标准，以及双方协商的结果。在实际操作中，建议优先考虑合同约定，当合同无明确约定时，再参照当地建设行政主管部门的计价方法或标准，最后通过协商或司法鉴定解决争议。