南通市目前共有3所本科院校，分别是：

南通大学：江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学，江苏高水平大学建设高峰计划建设高校，拥有多个博士、硕士授权点，临床医学和电气工程及其自动化是学校的王牌专业。

南通理工学院：民办本科院校，前身为紫琅职业技术学院，拥有52个本科专业，注重学生技能培训，硬件设施一流。

南通大学杏林学院：民办本科院校，原南通医学院杏林学院发展而来，共享南通大学优质资源，以培养应用型人才为目标。

南通还有一些高职院校，如江苏航运职业技术学院、南通职业大学等。