药学专业在就业方面存在一些困难，主要包括以下几点：

岗位选择相对有限 ：虽然药学专业毕业生供小于求，但岗位选择相对有限。主要就业方向包括科研人员、医院药剂师、药检人员、公司职员和医药销售人员等。然而，实际就业情况并非如此理想，学生真正进入医疗卫生单位的比例较低。

就业竞争激烈 ：药店和医院仍然是药学专业毕业生的首选，但这些领域竞争激烈。药店处于过度竞争的状态，医药产业的发展也面临挑战，未来零售药店可能会有一半以上倒闭。

地域差异明显 ：药学专业毕业生主要选择在北京、天津、上海、沿海城市以及浙江、江苏、广东和山东的省会城市工作。然而，一些著名的大型制药企业由于地理位置问题，难以招聘到令人满意的人才。

学历和待遇问题 ：由于药学门槛较低，大部分从业人员学历较低，中、大专生出路有限，待遇较低。而药学本科以上出路较好，待遇普遍高出不少。

就业期望与现实的差距 ：药学专业学生毕业后期望的月薪为1500~2000元，研究生在3000元左右，但实际用人单位愿意支付的薪酬水平可能会有所下降。

专业与就业的匹配度 ：虽然药学专业毕业生具有广阔的就业前景，但实际就业情况与学生的就业意愿存在差距。例如，学生主要希望进入医疗卫生单位，但实际进入的比例较低。

综上所述，药学专业在就业方面存在一定的困难，但总体来看，药科类毕业生供小于求，各医药公司、制药厂对人才的需求是稳中有升。建议药学专业学生在选择就业方向时，可以综合考虑自己的兴趣和能力，选择适合自己的岗位和地区。