在土木工程专业考研中，以下几门课程通常被认为是最难的：

结构力学

理论力学

材料力学

混凝土结构设计原理

钢结构设计原理

此外，考研的难度还与个人的专业背景、学习方法和投入的时间有关。一些顶尖高校如清华大学、同济大学、哈尔滨工业大学等，由于其在土木工程领域的卓越声誉和高水平的研究教学，考研难度也相对较高。

建议学生在选择考研目标院校时，不仅要考虑学校的整体排名，还要综合考虑自己的兴趣、专业背景以及各个学校的考试科目和难度，制定合理的备考策略。