根据搜索结果，新疆在计算机科学与技术专业方面表现突出的院校主要包括以下两类：本科院校和高等职业院校。以下是综合多个来源的推荐及分析：

一、本科院校推荐

新疆大学

新疆综合实力最强的高校，计算机科学与技术专业在省内排名第一，学科评估为B-，排名全省30%-40%。

优势：科研实力强，师资力量雄厚，但需注意学科排名可能随评价体系调整。

石河子大学

211工程重点建设高校，计算机专业是省级重点学科，与多家企业合作紧密。

特色：工科特色鲜明，就业导向明确，尤其适合工程类方向学习。

新疆师范大学/新疆农业大学

师范类高校，计算机专业在自治区内排名前列，注重教学与实践结合。

新疆财经大学

经济类与工科结合，计算机专业课程设置注重应用能力培养。

二、高等职业院校推荐

新疆职业大学

新疆重点建设的高职院校，计算机网络技术专业实力较强，就业率居自治区同类高校前列。

喀什大学

南疆唯一的高等师范院校，计算机科学与技术专业结合地方需求设置课程，适合南疆考生。

昌吉学院/塔里木大学

昌吉学院综合类本科院校，计算机专业注重自动化、电气工程等方向；塔里木大学则以工科为主，农学与计算机结合。

三、选择建议

本科阶段 ：优先考虑新疆大学、石河子大学；

高职阶段 ：新疆职业大学、喀什大学是较优选择；

注意事项 ：不同院校专业方向差异较大（如本科强科研、高职强实践），需结合个人职业规划；

信息核实 ：建议通过官网或教育部门渠道确认最新招生简章和学科动态。

（注：部分院校排名可能因评价标准不同存在差异，建议结合多维度信息综合判断）