考研难度较大的南京高校主要包括以下几所：

南京大学 ：作为国内顶尖的985高校，南京大学的考研难度极大，竞争非常激烈，录取分数线也较高。

东南大学 ：东南大学同样是985高校，虽然工科方面稍弱，但在整体实力上依然非常强，考研难度也相当大。

南京理工大学 ：南京理工大学是工信部直属的七所院校之一，以工科特别是兵器科学与技术著称，考研难度也较大。

南京航空航天大学 ：南京航空航天大学在航空航天领域具有很高的声誉，考研难度也较大。

河海大学 ：河海大学在考研难度方面也较为靠前，尤其是其水利工程、环境科学与工程等王牌专业。

南京师范大学 ：南京师范大学在考研难度方面也相对较高，尤其是其教育学、心理学等学科。

南京医科大学 ：南京医科大学在医学领域考研难度较大，尤其是其临床医学、公共卫生与预防医学等专业。

南京工业大学 ：南京工业大学在工科领域有一定的实力，考研难度适中。

南京财经大学 ：虽然南京财经大学的整体考研难度相对较低，尤其是会计专业由于报考人数较多，相对有一点难。

南京信息工程大学 ：南京信息工程大学在气象学等王牌专业考研难度较大。

南京审计大学 ：南京审计大学的审计学等王牌专业考研难度也较大。

综合考虑各高校的考研难度， 南京大学 和 东南大学 的考研难度最大，其次是 南京理工大学 、 南京航空航天大学 、 河海大学 、 南京师范大学 、 南京医科大学 、 南京工业大学 、 南京财经大学 和 南京信息工程大学 等。建议考生根据自己的兴趣和专业方向，选择适合的学校进行报考。